膜清洗頻率與與預處理措施的完善程度是緊密相關的。預處理越是完善清洗間隔越長；反之預處理越簡單，清洗頻率越高。具體的清洗流程如下：
反滲透膜在4Bar(60psi)或更低壓力條件下進行低壓沖洗，即從清洗水箱中(或合適的水源)向壓力容器中泵入清潔水并排放幾分鐘。沖洗水必須是潔凈的、去除硬度、不含過渡金屬(Fe、Mn等)和余氯的RO產品水或去離子水。

(2) 反滲透膜在清洗水箱中配制指定的清洗溶液。配制用水必須是去除硬度、不含過渡金屬和余氯的RO產品水或去離子水。將清洗液的溫度和pH應調到所要求的值。

(3) 啟動清洗泵將清洗液泵入膜組件內，循環(huán)清洗約1小時或是要求的時間。在初始階段，在清洗液返回至RO清洗水箱之前，應將最初的回流液排放掉，以免系統(tǒng)內滯留的水稀釋清洗溶液。在化學藥劑與RO裝置接觸后，裝置內的污染物在化學反應的作用下會被大量沖出，為了避免污染清洗液，這些清洗液也應該被排放掉，直至清洗液顏色轉淡再進入循環(huán)清洗。在循環(huán)清洗最初的5分鐘內，緩慢地將流速調節(jié)到最大清洗流速的1/3。并在第二個5分鐘內，增加流速至最大設計流速的2/3，最后再增加流速至最大清洗流速值。如果需要，當pH的變化大于0.5，就要重新添加藥品調整pH值。

(4) 根據(jù)需要可交替采用循環(huán)清洗和浸泡程序。反滲透膜浸泡時間可根據(jù)制造商的建議選擇1至8小時。在整個清洗過程中要謹慎地保持合適的溫度和pH值。

(5) 化學清洗結束后，要用清潔水(去除硬度、不含金屬離子如鐵和氯的RO產品水或去離子水)進行低壓沖洗，從清洗裝置及相關管路中沖洗殘留化學藥劑，排放并沖洗清洗水箱，然后再用清潔水完全注滿清洗水箱。從清洗水箱中泵入所有的沖洗水沖洗壓力容器并排放。直至RO裝置內的殘留化學藥品基本被清除。

(6)反滲透膜 采用清潔水完全沖洗后，就可用預處理給水進行最終的低壓沖洗。給水壓力應低于4bar，最終沖洗持續(xù)進行直至沖洗水干凈，且不含任何泡沫和清洗劑殘余物。通常這需要15-60分鐘。操作人員可用干凈的燒瓶取樣，搖勻，監(jiān)測排放口處沖洗水中洗滌劑和泡沫的殘留情況。洗液的去除情況可用測試電導的方法進行，如沖洗水至排放出水的電導在給水電導的10-20%以內，可認為沖洗已接近終點；pH表也可用于測定沖洗水與排放水的pH值是否接近。

(7) 低壓沖洗結束后，RO裝置可以重新開始運行，但初始的產品水要進行排放并監(jiān)測，直至RO產水可滿足工藝要求(電導、pH值等)。這一段恢復時間有時需要從幾小時到幾天，才得到穩(wěn)定的RO產水水質，尤其是在經(jīng)過高pH清洗后。